Avec WinBooks, l'encodage analytique est découplé de l'encodage dans la comptabilité générale. Cette façon de travailler offre énormément de souplesse mais peut faire apparaître des discordances, volontaires ou involontaires, entre les imputations en comptabilité générale et analytique.

  • C'est le cas pour les documents comptables qui ne sont pas imputés en analytique soit dans le cas d'un encodage a posteriori, soit si on clique sur  quand WinBooks propose la fenêtre d'encodage analytique.
  • C'est le cas aussi si on modifie le plan comptable analytique. On décide après coup qu'un compte devient analytique pour tel plan ou, à l'inverse, que l'on ne souhaite plus imputer analytiquement une telle classe de comptes. Pour corriger les discordances qui peuvent alors apparaître entre imputation comptable et imputation analytique, on devra repasser sur les écritures concernées.
    • Par exemple : on décide après coup de rendre analytique le compte de différence de paiement 654000. Toutes les pièces comptables utilisant ce compte, et déjà imputées analytiquement, devront, éventuellement, faire l'objet d'une adaptation a posteriori.
  • Ce sera le cas également si on modifie une pièce comptable déjà imputée analytiquement. On change le montant imputé sur le compte analytique ou le numéro de compte. Si on omet ensuite d'adapter la répartition analytique de la pièce comptable, des discordances peuvent apparaître.
    • Par exemple : une imputation a été faite sur le compte 654000 (analytique) au lieu d'être faite sur le 653000 (qui n'est pas analytique). Pour éviter toute discordance, il sera nécessaire de repasser par la ventilation analytique pour supprimer l'imputation sur le 654000 et la remplacer par une imputation sur le 653000.

La liste des documents à compléter aussi appelée liste de contrôle analytique détecte ces discordances. C'est un document très important pour s'assurer de la parfaite synchronisation entre la comptabilité générale et analytique. Il donne, par période, et par journal, la liste des pièces comptables non imputées analytiquement, mais également au sein d'une pièce comptable imputée analytiquement les éventuelles discordances : différence entre le total de l'imputation comptable, et sa contrepartie analytique.