Het commercieel beheer Business-versie van WinBooks on Web ligt in het verlengde van de boekhouding. Ze combineert flexibiliteit en gebruiksgemak met talrijke mogelijkheden voor de lay-outs van documenten (facturen, offertes, verzendnota's, ...). 

Om een factuur aan te maken, baseert WinBooks on Web zich gedeeltelijk op de gegevens die in een nieuwe fiche opgeslagen worden, nl. de artikelfiche. Voor de rest gebruikt het commerciële beheer van WinBooks on Web gegevens die gemeenschappelijk zijn voor boekhouding en facturatie: algemene rekeningen, klanten, tabellen, ... 

Een Autonome facturatie kan echter ook gehost worden. In dit geval is er geen link met de boekhouding van WinBooks on Web.

De facturatiemodule is beschikbaar vanaf de Business-versie, bepaalde functionaliteiten zijn alleen toegankelijk voor Enterprise-versies.

Dankzij de flexibele configuratie kan elk Commercieel beheer anders worden ingesteld, afhankelijk van de vereisten van elk bedrijf.